好SCI論文的幾點(diǎn)經(jīng)驗(yàn)分享

一、研究結(jié)果整理

1. ? ? ?材料與方法

應(yīng)該屬于論文中較容易寫(xiě)的部分。但對(duì)于寫(xiě)慣中文論文的作者（中文論文方法部分常常無(wú)需完整句子或三言?xún)烧Z(yǔ)，無(wú)需參考文獻(xiàn)或?qū)Ψ椒ǖ恼撟C），這部分也是審稿人最容易提出問(wèn)題的部分。在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中積累的方法步驟可以放在這部分，但必須以完整句子的形式簡(jiǎn)潔、準(zhǔn)確描述，而不是記流水賬。

要明確提供材料包括試劑、細(xì)胞、動(dòng)物的來(lái)源。方法的描述最好為下面結(jié)果的描述打下伏筆，以保持論文的一致性并方便讀者閱讀。

盡量采用大標(biāo)題(Headings)和小標(biāo)題(Subheadings)逐步描述。有些成熟的方法，簡(jiǎn)述即可，并引用相關(guān)參考文獻(xiàn)。但如果是自創(chuàng)方法，則應(yīng)詳細(xì)描述，尤其提出改進(jìn)點(diǎn)和注意點(diǎn)，以表明其創(chuàng)新性。

2. ? ? ?結(jié)果

結(jié)果的描述順序最好與方法的一致。宜采用相應(yīng)的大標(biāo)題(Headings)逐步描述。所有有關(guān)的試驗(yàn)或觀察指標(biāo)應(yīng)以適當(dāng)?shù)男问奖磉_(dá)，但應(yīng)該高度精練。信息量大的和/或非重要結(jié)果可以總結(jié)在表中，重要結(jié)果或信息量小的結(jié)果可用圖表示。

具概括性的結(jié)果表述或?qū)τ薪y(tǒng)計(jì)學(xué)意義或生物臨床重大意義的結(jié)果表述應(yīng)體現(xiàn)在正文中。相應(yīng)的圖表最好放在這些結(jié)果表述句末的括號(hào)中。

二、數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析

由于統(tǒng)計(jì)分析涉及到的知識(shí)種類(lèi)過(guò)于寬泛，現(xiàn)給大家介紹我以前解答過(guò)的問(wèn)題，希望能對(duì)大家有所啟發(fā)。

問(wèn)題1：文章投Proteomics Clinical Applications被拒，歷時(shí)2個(gè)月的review后，昨天收到郵件Rejected。這個(gè)雜志07年才從proteomics分出，現(xiàn)在還沒(méi)有IF，SCI-E收錄。

拒稿意見(jiàn)主要是實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、統(tǒng)計(jì)問(wèn)題，整理如下：

我做ABC三組的比較蛋白質(zhì)學(xué)，兩兩間比較超過(guò)1.5倍的表達(dá)點(diǎn)D選出，酶解，MS。WB,RT驗(yàn)證目的蛋白。

審稿人意見(jiàn)：

(1) ? ?兩兩間比較，t檢驗(yàn)已有精確的p值，為何要選用1.5倍？既然要選擇D點(diǎn)，就不應(yīng)該用兩兩間比較，而應(yīng)該選用方差分析。

我的回復(fù)：如果不選用1.5倍，只用p值確定，那點(diǎn)更加多得不得了，酶解、ms都更費(fèi)錢(qián)，所以當(dāng)時(shí)就在基礎(chǔ)上再篩選，就選擇了表達(dá)1.5倍。至于用選擇D點(diǎn)沒(méi)用方差分析，如何解？

(2) ? ?WB,RT為何不用方差分析？

我的回復(fù)：WB,RT都是用定量的，比較用的也是兩組間的t檢驗(yàn)。但在統(tǒng)計(jì)描述(methods and materials )的時(shí)候我直接copy了以前文章里面的描述，說(shuō)計(jì)數(shù)資料用卡方檢驗(yàn)；沒(méi)有提到計(jì)量資料，也沒(méi)有提到用方程分析。這該如何解釋?zhuān)?/p>

麻煩夏教授給下意見(jiàn)，是否可以大修后再投？

夏教授：

1) Normally,the comparison for proteomics is between two groups.

I believe that you are trying to comparethree progressive pathologies such as normal, pre-cancerous and cancer in your study. If so, I am not sure if this is a good approach.

2) Although I am not familiar withproteomics, I did review some papers in proteomics. The so-called”differentially expression spots or proteins” are usually defined by”two-fold difference” or even “1.5-fold difference” (if you have a reason or reference to support you), but not defined by statistical analysis.

3) If you really want to use statistical analysis for three groups, you should use One-way ANOVA, not a simple T-testwhich is for two independent samples (groups).

問(wèn)題2：生存期分析，一組病例數(shù)嚴(yán)重少于其他組病例數(shù)時(shí)該怎么統(tǒng)計(jì)？

我在統(tǒng)計(jì)一個(gè)關(guān)于三種不同基因型與患者生存期的問(wèn)題，三個(gè)基因型分別是正常，雜合子和完全突變型，所用的受試人群完全是患者，在我的病例中發(fā)現(xiàn)，完全是正常的基因型的人數(shù)只在十例多，而突變型的總和達(dá)到了150多例，所以應(yīng)該說(shuō)患者的分型比較偏，而這個(gè)是患者的病例，而不是正常人的，所以出現(xiàn)偏的現(xiàn)象是很正常的。

雜合子和完全突變型的生存期的比較，我做K-M分析的時(shí)候，P值為0.07，但看曲線分的比我做出P值0.03的還開(kāi)，明顯看出是基因正常的患者人數(shù)特別少。我懷疑可能會(huì)由于這個(gè)造成數(shù)據(jù)偏差。

聽(tīng)說(shuō)有一種統(tǒng)計(jì)方法可以做這種一組患者人數(shù)特別少的生存期，可是我不會(huì)，這該怎么辦，實(shí)在是已經(jīng)非常接近0.05了，我希望有個(gè)統(tǒng)計(jì)學(xué)的平衡，讓我做的分析更科學(xué)，如果那樣也沒(méi)有意義我就認(rèn)了。請(qǐng)夏教授指教！

夏教授：

很高興你得到一些陽(yáng)性結(jié)果。

看過(guò)你寄來(lái)的數(shù)據(jù)，知道是有關(guān)基因多態(tài)性與某癌預(yù)后的關(guān)系。病例數(shù)應(yīng)該是比較多的（當(dāng)然還可以更多些）。得到Log Rank P值<0.07，不應(yīng)該失望。你還有更多方法來(lái)全面分析：

1、基因型頻率(Genotype， TC, CC, T/C）和等位基因比率（Alleles,T：C)都可以用卡方分析。（作基因多態(tài)性的文章都用Hardy-Weinberg equilibrium，這個(gè)我不太懂）。

2、五年生存率比較。

3、Cox Regression是一定要做的。影響生存的因素（confounders）非常多，包括病理(TNM、Stage, Differentiation, site, size, etc)及手術(shù)、化療等等?；蛟S，該基因多態(tài)性在Cox Regression分析中為獨(dú)立危險(xiǎn)因素（即P<0.05

三、圖表選擇

科研論文的圖表一般是重要研究結(jié)果的展示，插圖質(zhì)量的好壞往往也會(huì)直接影響著科研論文的發(fā)表。越來(lái)越多的研究者認(rèn)識(shí)到了高質(zhì)量的SCI論文插圖對(duì)于論文發(fā)表的重要性。

以下將介紹一般SCI雜志對(duì)插圖的各種要求，并說(shuō)明如何在實(shí)際科研工作中做好原始數(shù)據(jù)和圖片的采集工作，希望能從根本上幫助科研工作者減少這類(lèi)問(wèn)題的發(fā)生。

1. SCI論文插圖一般要求：

1) 尺寸符合雜志社的要求（寬度8.3~17.6厘米，高度一般不超過(guò)20厘米）；

2) 字體符合雜志社的要求（Times NewRoman/Arial）；

3) 同類(lèi)型文字的字號(hào)保持一致（Fontsize ≥ 8 pt，字體太小印刷版看不清楚）；

4) 線條粗細(xì)保持一致（Line weight;0.25~1 pt）；

5) 準(zhǔn)確、清楚、有條理的圖片標(biāo)記，插圖上所有元素對(duì)位整齊；

6) 插圖內(nèi)容應(yīng)占據(jù)整張插圖的90%以上空間，四周不能留太多空白區(qū)域；

7) 顏色模式符合雜志社的要求（RGB,CMYK）；

8) 圖片分辨率超過(guò)雜志社的最低要求（彩圖≥ 300 dpi；線條圖≥ 1000 dpi；灰度圖≥ 600 dpi；組合圖≥ 500 dpi）；

9) 格式符合規(guī)范（位圖，TIFF，矢量圖，PDF/EPS）；

10) 大小合適（每張插圖最好不超過(guò)10M，推薦保存為T(mén)IFF格式并選擇LZW無(wú)損壓縮模式）；

2.如何獲取高質(zhì)量的原始素材？

大家在收集原始數(shù)據(jù)和圖片時(shí)，應(yīng)特別注意獲取高質(zhì)量的原始文件，并長(zhǎng)期保存（1）照相機(jī)拍攝類(lèi)照片

拍攝時(shí)應(yīng)注意如下要點(diǎn)：

1) 注意攝入?yún)⒄瘴?。如需比較拍攝物尺寸大小的，應(yīng)輔以鋼尺做參照，如腫瘤體積、裸鼠大小等；

2) 背景應(yīng)盡量干凈，推薦以淺藍(lán)布作為背景，注意減少血漬及其他污染物的干擾；

3) 仔細(xì)檢查相機(jī)設(shè)置，分辨率越高越好，推薦2560×1920dpi及以上分辨率;

4) 對(duì)焦準(zhǔn)確，不要逆光拍攝，多拍幾張；及時(shí)檢查效果并挑選可用的，正確命名，并將原始照片長(zhǎng)期保存（不要用word或ppt保存）；

（2）條帶類(lèi)圖片

拼圖前，條帶類(lèi)圖片需要通過(guò)圖片軟件進(jìn)行裁剪和預(yù)處理，并添加箭頭和分子量等文字說(shuō)明。應(yīng)注意：

1) 保持凝膠完整；

2) 拍照或掃描時(shí)應(yīng)盡量設(shè)置較高的分辨率，原始分辨率不低于300 dpi，越高越好，保存為T(mén)IFF格式備用。

（3）顯微鏡、電鏡、共聚焦顯微鏡圖片

這類(lèi)照片包括黑白圖和彩色圖。拼圖前，往往需要預(yù)處理添加標(biāo)尺和調(diào)整大小等。

應(yīng)注意如下要點(diǎn)：

1) 盡量獲取高分辨率的圖片，原始分辨率不低于600dpi，越高越好，保存為T(mén)IFF格式備用；

2) 注意添加標(biāo)尺，至少在同批次、同參數(shù)的系列照片中的一張上添加，否則后期沒(méi)有參照將無(wú)法處理。

（4）數(shù)據(jù)圖表類(lèi)結(jié)果

一般由數(shù)據(jù)處理軟件生成，如Excel, Origin, Graphpad, SPSS等，屬于線條圖范疇，要求分辨率不低于1000dpi，或直接通過(guò)PDF/EPS格式投稿（如雜志社允許）。

應(yīng)注意如下要點(diǎn)：

1) 原始數(shù)據(jù)必須完整、準(zhǔn)確；

2) 分析儀器記錄的數(shù)據(jù)最好導(dǎo)出為Excel格式，以便統(tǒng)計(jì)軟件識(shí)別和處理。

3) 將圖表轉(zhuǎn)化成PDF格式，必要時(shí)可通過(guò)AI對(duì)PDF格式圖表進(jìn)行編輯；

4) 所有原始數(shù)據(jù)和圖表，皆應(yīng)長(zhǎng)期保存，必要時(shí)雜志社可能會(huì)要求提供數(shù)據(jù)分析的結(jié)果不要截圖，盡量不使用圖片形式保存結(jié)果，以免后續(xù)不好修改。

（5）編輯公司協(xié)助處理的插圖

雖然論文編輯公司有協(xié)助制作SCI論文插圖的服務(wù)，但很多作者只關(guān)心最終的結(jié)果——圖片本身，卻往往忽略了處理過(guò)程中的產(chǎn)生的源文件。

應(yīng)注意如下要點(diǎn)：

1) 繪制類(lèi)插圖，要求提供PDF版，必要時(shí)提供符合雜志社要求的高分辨率TIFF圖片；

2) 照片類(lèi)插圖（如拼圖服務(wù)，壁報(bào)排版等），要求提供高分辨率TIFF圖片，并提供軟件處理過(guò)程中的源文件（如PS處理過(guò)程中產(chǎn)生的PSD源文件），以便后期修改。

最后必須要強(qiáng)調(diào)的是，在準(zhǔn)備SCI論文插圖的每個(gè)環(huán)節(jié)，請(qǐng)務(wù)必遵守科研道德及出版?zhèn)惱淼幕驹瓌t：不篡改數(shù)據(jù)、不捏造結(jié)果、不偽造圖片！

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